Earth BioGenome Project, the ambitious project to reconstruct the tree of life, takes flight / Eng-Esp

Posted on January 25, 2022 by ELCOMUNISTA.NET in ECOLOGY, Environment

55 Wildlife ideas | endangered animals, animals, animals wild

Its objective is to sequence the entire genome of living beings on Earth, to obtain the most complete genetic atlas.

The initiative, made up of more than 5,000 scientists, has just passed the testing phase and begins large-scale work.

It is called the Earth BioGenome Project (EBP) and it is made up of more than 5,000 scientists from around the world, united with a common goal: to sequence the genome of all forms of life on Earth to obtain the most complete ‘genetic atlas’ of the biodiversity of the planet.

The initiative, which has just successfully passed the testing phase and is now beginning large-scale work, aims to sequence the genome of the almost two million species of plants, animals and fungi that have been described on Earth and of those that so far only 0.5% have been sequenced.

But, probably, the most special thing about the project is not its size or the unimaginable benefits it will bring, but “the enthusiasm of the scientists who have launched it and who are coordinating the largest initiative in the history of biology,” he points out. Harris Lewin, coordinator of the EBP and Ecologist at the University of California, Davis.

The EBP is a network of networks, that is, an integrated initiative based on specific, local or national scientific projects that have been added to this global effort as if it were a puzzle.

“It emerged as an initiative without a budget, as a union of scientists who tried to coordinate to sequence genomes and ensure that this information was useful, legible, comparable and accessible to everyone,” describes Tomás Marqués-Bonet, ICREA researcher at the Institute of Evolutionary Biology (IBE) and member of the Vertebrate Genomes Project, the group from which the EBP was born.

Currently, the EBP is made up of large projects such as the Darwin Tree of Life (to sequence the genome of the 66,000 species of the British Isles), the 10,000 Bird Genomes Project or the California Initiative Project, as well as consortia such as the European Reference Genome Atlas (ERGA), which coordinates the work of European groups such as ERGA-Spain. In total, the project includes 5,000 scientists and technical staff from 44 institutions in 22 countries.

The first Spanish organization that joined the initiative was the Institute of Catalan Studies (IEC) but now there are scientists from all over the country from centers such as the Higher Council for Scientific Research (CSIC), the National Museum of Natural Sciences (MNCN) or the National Center for Genomic Analysis (CNAG), which participate very actively in ERGA, explains Montserrat Corominas, a biologist at the University of Barcelona.

As part of our mission to protect globally important biodiversity, the GEF supports protection of endangered species around the world by securing their habitats and combating the illegal wildlife trade. Photo: Sretachok.P Oat/Shutterstock.

In fact, stresses the researcher, it is important that Spain is present in the project, not only because of its global importance, but because “we are the country with the most biodiversity in Europe with places as varied as the Canary Islands, the desert, the Atlantic or the Mediterranean ».
Immersed in the sixth mass extinction

For Marqués-Bonet, sequencing the genome of the Earth’s species is essential. “Biodiversity is at risk. We have known for a long time that we are in the sixth mass extinction due to human action and that species are disappearing at a rate never seen since records began, that is why the EBP is important, to preserve a genetic legacy for future generations before that they disappear.”

And it is that with each species that disappears, we not only lose biodiversity, but also “the opportunity to learn something that may be important for humans and for our health or economy,” warns the Catalan biologist.

Insects are by far the most diverse animal group, with more than a million known species. Barta IV/Flickr (CC BY 2.0)

This pandemic, for example, has shown us how important it is to know our environment: “If we had not sequenced the virus that causes covid, we would not be able to carry out PCRs, nor would we know the variants such as the omicron,” explains Corominas.

“And if we had sequenced all the species that we know transmit covid, we would have determined earlier what the genetic basis of the genes involved is, the variants, why some transmit it and others do not, why some get more sick and others do not… », adds Marqués-Bonet.

Therefore, when this genetic atlas is completed, it will be invaluable to scientists in all fields: cancer, epidemics, sustainable agriculture, the fight against climate change, pharmacology, or the resistance of bacteria to antibiotics, advances the researcher.

Kunstformen der Natur - spiders

“This project can give results that we still cannot imagine but that will be extremely useful for humanity,” Corominas agrees.
Accessible data banks

To carry out the project, scientists and technicians must collect the samples, document them and keep them in biobanks. They then extract DNA and sequence it following certain standards which are adopted so that the information obtained is comparable and readable by all and, finally, it is digitally classified in databases accessible to everyone.

Since the project began in 2018, some 200 species (representative of all biodiversity) have been sequenced, classified into taxonomic groups, which are “the drawers” that help catalog biology (species, genus, family, order , etc), Corominas specifies.

For this year, the EBP expects to sequence the genome of nearly 3,000 taxonomic families, in order to have at least one representative of each family, and from there, expand until the genomic atlas of the planet’s biodiversity is completed in the next decade.

UC Davis sequence all life

When completed, “the atlas will give scientists in all fields the genetic information necessary to understand the molecular basis of the different forms of life and use it for the benefit of humanity,” explains Marqués-Bonet.

Earth BioGenome Project, el ambicioso proyecto para reconstruir el árbol de la vida, levanta el vuelo

Posted on enero 25, 2022 by ELCOMUNISTA.NET in ECOLOGÍA, MEDIO AMBIENTE // 0 Comments

Su objetivo es secuenciar todo el genoma de los seres vivos de la Tierra, para obtener el atlas genético más completo.

uiuihuu

La iniciativa, integrada por más de 5.000 científicos, acaba de superar la fase de pruebas y comienza el trabajo a gran escala.

Se llama Earth BioGenome Project (EBP) y está integrado por más de 5.000 científicos de todo el mundo, unidos con un objetivo común: secuenciar el genoma de todas las formas de vida de la Tierra para obtener el ‘atlas genético’ más completo de la biodiversidad del planeta. La iniciativa, que acaba de superar con éxito la fase de pruebas y comienza ahora el trabajo a gran escala, pretende secuenciar el genoma de los casi dos millones de especies de plantas, animales y hongos que se han descrito en la Tierra y de los que hasta ahora solo se han secuenciado el 0,5%.

Pero, probablemente, lo más especial del proyecto no son sus dimensiones ni los inimaginables beneficios que traerá consigo, sino «el entusiasmo de los científicos que lo han puesto en marcha y que están coordinando la mayor iniciativa de la historia de la biología», destaca Harris Lewin, coordinador del EBP y Ecólogo de la Universidad de California, Davis.

The Earth BioGenome Project (EBP) - Bioinformatics - Microbe Notes

El EBP es una red de redes, es decir, una iniciativa integrada a partir de proyectos científicos específicos, locales o nacionales que se han ido sumando a este esfuerzo global como si fuera un puzzle. «Surgió como una iniciativa sin presupuesto, como una unión de científicos que trataban de coordinarse para secuenciar genomas y asegurar que esa información fuera útil, legible, comparable y accesible para todo el mundo», describe Tomás Marqués-Bonet, investigador ICREA en el Instituto de Biología Evolutiva (IBE) y miembro del Vertebrate Genomes Project, el grupo del que nació el EBP.

Actualmente, el EBP está integrado por grandes proyectos como el Darwin Tree of Life (para secuenciar el genoma de las 66.000 especies de las islas británicas), el Proyecto 10.000 Genomas de Aves o el Proyecto California Innitiative, además de consorcios como el European Reference Genome Atlas (ERGA), que coordina el trabajo de los grupos europeos como el ERGA-Spain. En total, el proyecto incluye a 5.000 científicos y personal técnico de 44 instituciones de 22 países.

El primer organismo español que se unió a la iniciativa fue el Institut de Estudis Catalans (IEC) pero ahora ya hay científicos de todo el país de centros como el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), el Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN) o el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), que participan muy activamente en ERGA, explica Montserrat Corominas, bióloga de la Universidad de Barcelona.

Earth BioGenome Project ramps up sequencing of all known Eukaryotic life on  Earth

De hecho, subraya la investigadora, es importante que España esté presente en el proyecto, no solo por su importancia global, sino porque «somos el país con más biodiversidad de Europa con lugares tan variados como Canarias, el desierto, el Atlántico o el Mediterráneo».

Inmersos en la sexta extinción masiva

Para Marqués-Bonet, secuenciar el genoma de las especies de la Tierra es esencial. «La biodiversidad está en riesgo. Desde hace tiempo sabemos que estamos en la sexta extinción masiva por culpa de la acción humana y que las especies están desapareciendo a ritmo nunca visto desde que se tienen registros, por eso es importante el EBP, para conservar un legado genético para las futuras generaciones antes de que desaparezcan». Y es que con cada especie que desaparece no sólo perdemos biodiversidad, sino también «la oportunidad de aprender algo que puede ser importante para los humanos y para nuestra salud o economía», advierte el biólogo catalán.

Esta pandemia, por ejemplo, nos ha demostrado lo importante que es conocer nuestro entorno: «Si no hubiéramos secuenciado el virus que causa el covid, no podríamos hacer PCRs, ni conoceríamos las variantes como el ómicron», explica Corominas. «Y si hubiéramos tenido secuenciadas todas las especies que sabemos que transmiten el covid, habríamos determinado antes cuál es la base genética de los genes implicados, las variantes, por qué unos lo transmiten y otros no, por qué unos enferman más y otros no…», añade Marqués-Bonet.

Office of Research International Consortium Officially Launches Earth  BioGenome Project in London - Office of Research % %

Por eso, cuando este atlas genético esté completado, tendrá un valor incalculable para los científicos de todos los campos: el cáncer, las epidemias, la agricultura sostenible, la lucha contra el cambio climático, la farmacología, o la resistencia de las bacterias a los antibióticos, avanza el investigador. «Este proyecto puede dar unos resultados que aún ni imaginamos pero que serán extremadamente útiles para la humanidad», coincide Corominas.

Bancos de datos accesibles

Para hacer el proyecto, los científicos y técnicos deben recoger las muestras, documentarlas y conservarlas en biobancos. Después, extraen ADN y lo secuencian siguiendo unos estándares determinados para que la información obtenida sea comparable y legible para todos y, por último, se clasifica digitalmente en bancos de datos accesibles para todo el mundo.

Life on earth: How Many Species Are There? Number of insects on earth. -  The Last Dialogue

Desde que comenzó el proyecto, en 2018, se han secuenciado unas 200 especies (representativas de toda la biodiversidad), clasificadas en grupos taxonómicos, que vienen a ser «los cajones» que ayudan a catalogar la biología (especie, género, familia, orden, etc), precisa Corominas.

Vector Set Of Animals Of India Stock Illustration - Download Image Now -  iStock

Para este año, el EBP espera secuenciar el genoma de cerca de 3.000 familias taxonómicas, para tener al menos un representante de cada familia, y a partir de ahí, ir ampliando hasta completar el atlas genómico de la biodiversidad del planeta en la próxima década.

Cuando esté completado, «el atlas dará a los científicos de todos los campos la información genética necesaria para entender la base molecular de las diferentes formas de vida y utilizarlo en beneficio de la humanidad», explica Marqués-Bonet.

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out /  Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out /  Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out /  Change )

Connecting to %s

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.

%d bloggers like this: